Le vestibule permet d'accéder à la chapelle Notre-Dame-des-Morts depuis la galerie de circulation (ou grand cloître).
Le vestibule distribue plusieurs espaces : il dessert la nef de la chapelle (à l’est) et le cimetière (aujourd’hui occupé par les jardins, au sud).
Grâce aux recherches archéologiques et aux travaux de restauration, de larges plaques d’enduit des murs et de la voûte datant du XIIe siècle ont pu être restituées.
Les fouilles et l’étude de documents anciens ont permis de comprendre l’usage de ce vestibule, comme étant un espace réservé à des inhumations d’officiers du monastère.

Composée d’un vestibule bordé d’une nef ouvrant sur un chœur à abside quadrangulaire, la chapelle a été construite contre le grand cloître, sur un cimetière plus ancien datant du XIe siècle. Cet ensemble est voûté au XVe siècle puis subi une modification au début du XVIIe siècle. La voûte est alors remplacée par un plafond.
La fonction de la chapelle est liée à la commémoration des défunts : messes, processions et célébrations.
Au XVIIe siècle, Notre-Dame est transformée en chapelle privée de l’abbé puis en cuisine à partir de 1743.

Photographie de la chapelle en cours d'aménagement.

Après des travaux de restauration et de rénovation, la chapelle recevra les lutrins et les vitrines constituant les éléments de la muséographie.

Photographies, documents d'archives, dessins et cartes renseigneront les visiteurs sur l'histoire des monastères jurassiens.

La découverte de peintures murales sous une couche de plâtre a permis de comprendre l’usage de cet espace, petite chapelle à la fin du Moyen Âge, chambre à coucher au XVIIIe siècle puis cave au XXe siècle.

Les peintures murales restaurées figurent le Christ en Majesté entouré du Tétramorphe. Les quatre évangélistes, Saint Jean, Saint Mathieu, Saint Luc et Saint Marc sont inscrits chacun dans un médaillon. Un ciel étoilé unit l’ensemble de la représentation, peinte en 1478 comme l’indique une inscription.

Les recherches archéologiques ont permis de découvrir un caveau, au centre de la chapelle, dans lequel était inhumé le chantre du monastère, Claude Venet.

Daté du XIe siècle, le cloître (ou galerie de circulation) est l'une des seules structures encore en élévation en Europe.

D’une taille de 110 m de longueur à l’origine, la galerie de circulation permettait aux religieux de se déplacer à l’intérieur du monastère à l’abri des intempéries ainsi que d’y pratiquer des processions entre les différentes églises (Saint-Pierre-Saint-Paul-Saint-André et Saint-Oyend-Saint-Claude).

La partie accessible dans le musée mesure 26,40 m et donne accès au vestibule, à la chapelle Claude Venet et aux deux caves.

• Grande cave
Utilisée comme cave au XVIIe siècle, cette pièce se situe à l’emplacement d’un bâtiment des XIe-XIIe siècles. Il pourrait s’agir de l’un des premiers logis de l’abbé.
Les fouilles archéologiques ont mis au jour une file de tombes maçonnées du XIe siècle le long du mur extérieur de la galerie.

• Petite cave
Cette petite cave datant du XVe siècle fait partie du logis du chantre. Un étroit escalier en pierre le long de la façade nord desservait les appartements de l’évêque au rez-de-chaussée depuis le cellier.

• Cage d’escalier
Utilisé comme vestibule et cage d’escalier pour le logis du chantre situé au niveau supérieur, ce petit espace dévoile le tracé préparatoire d’une peinture murale représentant une Vierge à l’Enfant.